AlphaFold 统永世物言语大模型阿里云先开了！ 3不开源

把169861个动物物种数据装进大模型，大模型竟get到了动物核心规律的微妙——

不只 能识别DNA、RNA与相应蛋白质之间的外在咨询 ，在基因分类、蛋白质相互作用预测、热稳固性预测等7种不同类型义务中也能比肩SOTA模型。

模型名为，由阿里云飞天试验室动物智能计算团队打造。

相比AlphaFold 3因未开源受到650多名学者联名批判，LucaOne训练推理代码及相关数据目前均 已开源 。

LucaOne是目前首个 全动物系统的核酸言语+蛋白言语的融合基座模型 。换句话说，LucaOne由核酸（DNA、RNA）和蛋白质序列联结训练而来。

经过一系列试验，钻研人员发现它能宽泛实用各种下游义务。

在含13个物种、相关对总数量为20的核酸序列和其对应蛋白的正负样本数据集中， LucaOne提供表征的模型到达0.85的预测准确率 。

远高于目前业内最好的预训练模型组合ESM-3B+DNAbert2（0.73）及其余建模方式，也清楚高于LucaOne的单核酸训练版本+单蛋白训练版本。

其余义务如针对流感H3N2病毒疫苗有效性（免疫逃逸危险）的预测，LucaOne 准确率可达100% 。

量子位也咨询到了论文一作，聊了聊LucaOne的成功细节，以及AI for Science在动物迷信畛域的开展。

核酸和蛋白质序列联结训练

总的来说，LucaOne围绕核心规律的数据启动构建，能够学习到核心规律面前的原理和逻辑，可提取基因转录和蛋白质翻译环节中固有的复杂形式和相关，在经常使用层面相当于 提供了一个对DNA、 RNA、蛋白质的无差异表征 。

分子动物学的核心规律即遗传消息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质的环节，这一环节包括DNA的复制、RNA的转录和蛋白质的翻译。

开展来看，LucaOne整个上班流是这样婶儿的：

从技术上讲，构建LucaOne的难点首先是 数据集的构建 。

在生命迷信畛域，实在存在的只是分子数据。

例如，核酸的示意方式是4种碱基。DNA是腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）和胸腺嘧啶（T）；RNA是腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）、尿嘧啶（U）。蛋白质由氨基酸组成，人造界存在的氨基酸大概有20-22种，每种氨基酸也用一个字母示意。

而人类为了解这些分子的性质与作用，理论须要参与很多注释消息，包括一些图片的注释。注释消息属于人类言语，人造界自身不存在，从而就构成了一种生命迷信畛域的从“人造界”言语到“人类文明”言语的跨模态。

因此，LucaOne的预训练数据不只蕴含DNA、RNA、蛋白质这三类分子的序列（核苷酸序列或许氨基酸序列）数据，同时还经常使用了这些分子的 注释消息 。

总共涵盖了169861个物种的核酸和蛋白质序列和注释消息，分为两局部：

核酸数据集来自RefSeq，包括核酸序列及注释；蛋白质数据集来自InterPro、UniProt、ColabFold、RCSB-PDB、AlphaFold2，包括蛋白质序列、注释和三维结构。

据引见，在数据集的搜集处置方面，阿里云飞天试验室与中山大学、浙江大学等多个团队启动了协作。

另一大难点是动物分子序列的预测和大言语模型预测下一个token不同，在模型训练阶段还须要一些专门的设计。

LucaOne驳回了 Transformer-Encoder 架构，由20个编码器块组成，嵌入维度为2560，总参数量。

钻研人员在此基础上启动了一些提升：

此外，在数据处置和模型训练环节中，核苷酸和氨基酸用一致的方式启动表征或编码。经过token-type embeddings成功核酸和蛋白质序列的混合训练，区分核苷酸（0）和氨基酸（1）。

在两个自监视掩码义务的基础上，钻研人员还参与了 八个半监视预训练义务 ，经过序列 注释 增强模型对数据的了解。

已能了解基因和蛋白对应相关

为验证核酸和蛋白质数据混合训练的长处，钻研人员区分经常使用核酸和蛋白质数据独自训练了两个额外的模型——LucaOne-Gene和LucaOne-Prot，并经常使用相反的5.6M checkpoint在分子动物学核心规律义务中启动了比拟。

经常使用t-SNE可视化说明，与其余模型相比，LucaOne的嵌入在两个数据集上出现出更严密的聚类，或许蕴含了更多高低文消息。

为验证LucaOne经过宽泛学习基因及蛋白言语，已具有对动物学核心规律里的基因和蛋白对应相关的了解才干，钻研人员设计了一个数据集及评测义务。

选取13个物种的核酸序列和其对应蛋白的正负样本数据集，相关对总数量为20，其中正负样本比例1：2。基因序列数据是其在基因组的原始数据，包括了少量的非编码区（内含子，调控元件，及“渣滓片段”等）。

驳回训练：验证：测试比例为：4：3：25；即仅3200组数据作为训练，18750组数据作为测试集来 预测其核酸序列能否可以翻译成数据组里的蛋白序列 。

结果LucaOne提供表征的模型到达的预测准确率，不只远高于目前业内最好的预训练模型组合ESM-3B+DNAbert2（0.73）及其余建模方式，也清楚高于LucaOne的单核酸训练版本+单蛋白训练版本。

这标明这两种大分子数据联结训练可以清楚增强模型的学习成果。

无心思的是，钻研人员发如今模型细分体现里，LucaOne 海鞘 这种动物里的预测体现比拟差（其余模型也相似），进一步剖析海鞘的特性标明，由于退化顺应性等各种要素，海鞘应用核心规律的详细规定-明码子偏好性，和其余动物清楚不同。

他们猜想LucaOne或许用的是另一种核心规律语法 “方言” ，而这种“方言”在训练数据集里仅有100条，因此模型没有很好的学习到这种规定。

在其余下游义务中，LucaOne对不同类型输入的下游义务也宽泛实用。

详细来说，钻研人员评价了7个不同类型的下游动物计算义务，包括:

为简化下游义务，钻研人员经常使用了三种对应不同输入方式的便捷网络架构：

结果标明，GenusTax、ProtStab、ncRNAFam、InfA、PPI义务上，LucaOne清楚优于其余模型；ProtLoc义务上，LucaOne与ESM2-3B相当，优于SOTA；ncRPI义务上，LucaOne优于DNABert2+ESM2-3B的组合：

值得一提的是，在流感H3N2病毒的免疫逃逸危险预测中，钻研人员驳回了1968年至2010年间分别的大规模H3N2病毒HA序列数据启动了基于流感毒株抗原相关的预测模型。

经过病毒HA抗原序列来预测其能否会诱导HIA试验的血凝现象，进而预测其能否在特定人群中会出现免疫逃逸。

要知道，目前预防与控制流感最有效的方法是接种流感疫苗，然而由于流感病毒极快的变异速度，造成不能及时与准确地介绍与盛行病毒相婚配的流感疫苗株。依据WHO和CDC的监测，流感疫苗的有效性在40%-60%之间。因此准确预测盛行毒株，判别免疫逃逸危险是一个关键且艰巨的命题。

钻研人员经常使用基于LucaOne+一层感知机的模型到达了100%的准确率。

这也说明LucaOne学习的少量核酸序列消息，包括少量其余病毒序列，为计算特定义务提供了很好的消息补充。

更多细节，感兴味的家人们可检查原论文。

“Science for AI”

如前文所述，LucaOne面前开发团队来自阿里云飞天试验室LucaTeam，LucaTeam也与多个团队开展了深度协作。

中山大学医学院 施莽 传授及其团队介入了LucaOne模型的数据设计与验证。施莽传授以为：

中国医学迷信院北京协和医学院病原动物学钻研所所长、美国微动物迷信院会士 舒跃龙 传授及其团队介入了LucaOne在流感病毒方面的剖析与验证上班。舒跃龙传授示意：

此外，论文一作 贺勇 是阿里云飞天试验室动物计算初级算法专家，咱们也就LucaOne与其开展聊了聊AI for Science在动物迷信畛域的开展。

在他看来，AI for Science在动物迷信畛域正处于刚起步的阶段，思考到AI可解释性的疑问，基本上如今他们还只是把AI当做一个工具，但同时如今是开展AI for Science的一个很好的期间节点。

不过，目前的局限在于测序获取还是分子的序列数据，而实在环球每个分子的存在是一个 空间结构 ，这或许就须要更复杂的模型来处置。

而不同窗科间的钻研方法不同、探求宏观环球也受限于目前的设施技术，贺勇以为人类对动物迷信这个畛域的意识目前也只是冰山一角，还不可从全局角度构建一个片面通用的系统。

最后他还补充道：

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原文链接:​ ​​ ​