1、含义不同：
宅基地证是当前农村村民合法拥有房屋和用地的权利凭证，可以在集体内部成员之间转让，但不得向非集体组织成员转让。宅基地证，通称宅基证。
房产证购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。即《房屋所有权证》，是国家依法保护房屋所有权的合法凭证。
2、土地性质不同：
宅基地证是农村集体土地；而房产证是国有土地。
3、土地的获得方式不同：
宅基地的地有的是很早分的没交钱，有的是现在交钱分到的。房产证的地是通过国家公开招拍拿到的，必须交钱。土地的发证机关也不一样，宅基地的证是乡里的，房产证的地是县级以上国土局发的。
4、能否买卖：
宅基地证是不让买卖的，房产证是可以买卖的。
丢失了农村宅基地证，可以去房屋管理部门申请补办。先登报声明将原房屋所有权证作废。10日后如无异议由房主申请所属镇的规划建设管理站的工作人员到实地测量。房屋所有权人提供身份证、户口薄复印件、登记声明作废报纸原件、村委证明等相关材料。申请重新办理房屋所有权证。
宅基证是我国在农村合作化后，农村村民在集体土地上因建房需要，向集体组织申请建房用地，经集体报送县(市)人民政府批准后，向县(市)土地行政主管部门申请办理集体土地使用权登记并由县(市)人民政府颁发《集体土地使用证》。宅基地允许建房，但建房之前还需要提出申请，经批准以后，才能凭宅基地证和准建证去申请办理房产证。
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